Quản lý dị ứng chú trọng đến việc phát hiện và kiểm soát các chất gây dị ứng trong thực phẩm. Điều này bao gồm đảm bảo rằng nguyên liệu, quy trình sản xuất và môi trường chế biến không là nguyên nhân gây nhiễm chéo các chất gây dị ứng.